在電滲析實驗設備的設計和運行中，應考慮防止極化和有效除垢等問題。合理選擇電滲析電流密度可以有效地防止極化降低電流效率和結垢。工作電流原則上應低于極限電流。工作電流的選擇還應與原水的含鹽量、離子組成、流速和溫度相結合。如果原水為碳酸鹽水質，可選擇較高的工作電流。
溫度對電滲析設備的性能有重要影響。溫度的升高，水中離子輸送速度的增加，以及膜和溶液的阻力的降低，將會增加除鹽量，增加除鹽速率，提高淡水水質。實踐證明，水溫在40°C以內。通過增加1°c，電滲析設備的脫鹽率可以增加約1度。因此，在條件允許的情況下，可以利用廢熱適當地提高水溫，以提高水的質量和數量。為了使電透析安全運作，不使操作效果差，入口溫度應在5~40°c以內。
一般來說，原水含鹽量高，可以選擇大電流密度。在一定的除鹽量和水質條件下，使用大電流密度可以減少電滲析設備，降低成本，但增加日常運行電費。在使用小電流密度的情況下，降低了日常運行電費，但必須選擇較大的電滲析設備，增加成本。電流密度zui小化成本和每日運行電費的總和，稱為經濟電流密度(或*電流密度)。極限電流密度和經濟電流密度不一定相等。如果它們不同，則應選擇較低的值。
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